Томат — растение самоопыляющееся, но иногда (на юге) возможно перекрестное опыление. Плоды — разной формы, величины и окраски. Мелкие плоды обычно малокамерные, содержат много семян — до 1 % массы плода; среднего размера — 0,3—0,5%; крупные, многокамерные, мясистые плоды дают выход семян ОД—0,2%.
Существенными биологическими особенностями являются способность любой части растения быстро образовывать придаточные корни при соприкосновении с влажной почвой, большая скороспелость почек и высокая побегообразовательная способность, за исключением детерминантных сортов. Такие сорта в меньшей степени нуждаются в пасынковании.