Корневая система томата в безрассадной культуре стержневая, проникает в глубину до 2 м. В рассадной культуре корни располагаются в пахотном слое почвы. При пасынковании, а также у детерминантных сортов корни развиты слабее.
Главный стебель, покрытый железистыми волосками, заканчивает рост с образованием первого соцветия. Листья сложные, непарноперисторассеченные. Существует закономерность между количеством листьев до первого соцветия и между последующими и продолжительностью периода от всходов до первого сбора.
Так, у скороспелых сортов соцветия образуются через 6 — 9 листьев, последующие — через 1 — 2, у позднеспелых соответственно — через 11—13 и 3—4. Цветков в соцветии бывает от 6 — 8 до сотни и более.