Болезни, поражающие томат, имеют разное происхождение: вирусные (мозаика столбур, стрик), бактериальные (черная бактериальная пятнистость, бактериальный рак, бактериальное увядание), грибные (фузариозное увядание, вертициллез, фитофтороз, белая пятнистость листьев — септориоз, макроспориоз, серая гниль, черная гниль плодов, черная ножка рассады).
Овощные растения пасленовых поражаются общими болезнями, возбудители многих из них сохраняются в почве несколько лет. Поэтому томат нельзя высаживать на одном месте раньше чем через 3—4 года, а после пасленовых — через 3 года.
Нельзя их размещать на участке рядом с картофелем, так как фитофтора с него быстро переходит на томат. В нашей зоне томат располагают на 3—4-й год после внесения органических удобрений.